在固相萃取中，環境的pH值常常會對萃取結果起到十分重大的影響，特別是對弱酸性或弱堿性化合物。如果環境的pH選擇不恰當，將會導致目標化合物回收率低，在離子交換固相萃取中，pH的影響就更加顯著。應此，在固相萃取中必須注意pH的影響。

根據酸堿質子理論，認為給出質子的為酸，其產物為對應的共軛堿，相應接受質子為堿，其產物為對應共軛酸。

當用離子交換機理進行固相萃取時（如使用陽離子交換柱或陰離子交換柱），在吸附時（樣品過柱）要調節pH，以保證99%以上的目標化合物呈離子狀態，根據pKa的基本定義中的公式（3）和（4）可知