蛋白質芯片技術又稱蛋白質陣列，是指將已知的大量蛋白質固定在經化學修飾的固相載體上，在保留蛋白質物化性質的基礎上，蛋白質與載體表面結合，再用激光掃描系統或者電感耦合器件獲取相關圖像；然后用專門的計算機軟件分析圖像、定性定量結果。Howell等采用俗稱軟蝕刻的微接觸印刷技術制作出了一種可以檢測大腸桿菌E.coli O157∶H7及鮭腎桿菌的抗體微陣列，結果表明：此芯片與其他有害微生物的交叉反應少，檢出濃度為7×107cfu/ml，檢測時間是40min，是一種很有效的微生物檢測方法。
　　方珍建立了檢測E.coli O157
　　H7的液相蛋白芯片方法。通過繪制檢測曲線，分別應用該方法及H2O作溶解劑的液相芯片方法檢測實際牛肉樣品。比較該方法與細菌分離培養法的陽性檢出率，能檢出陽性的低濃度為103cfu/ml，低檢出限為100cfu/ml；與18種腸道菌無交叉反應，特異性良好；3次重復實驗，批間變異系數7.61，重復性良好；應用該方法檢測牛肉樣品中人工添加細菌，能檢出陽性的低濃度為0.5cfu/ml；應用該方法檢測154份實際牛肉樣品，檢出陽性樣品19份，而細菌培養法檢出陽性樣品16份。蛋白質芯片技術是一種高特異性、高靈敏度、高通量、重復性好、應用性強、適用范圍廣且微型化的分析技術，在生命科學的各個研究領域有很好的發展前景，但同基因芯片技術一樣，檢測費用高，發展還不成熟。
　　納米金標記技術
　　納米金標記技術是指直徑在1nm—100nm金的微小顆粒，具有高電子密度，介電特性和催化作用，可以與多種生物大分子結合，且不影響生物大分子的生物活性。近年來，基于納米金標記的快速檢測研究在有害微生物方面應用比較多，檢測的微生物種類也比較多，國內外科技工作者通過對納米金顆粒表面特性的處理以及在納米金顆粒表面標記上特定的寡核苷酸探針，開發研究出了新的微生物檢測系統。
　　利用氨基偶聯法在傳感器表面固定多克隆抗體作為一抗，金納米粒子標記的大腸桿菌E.coli O157∶H7的多克隆抗體作為二抗，通過三明治方法用雙通道表面等離子體共振傳感器對E.coli O157∶H7進行檢測。SPR直接法檢出限為103cfu/ml，線性范圍為103cfu/ml—109cfu/ml；金納米粒子增強三明治法的檢出限為10cfu/ml，線性范圍為10cfu/ml—1010cfu/ml，靈敏度提高100倍，檢測范圍更寬，檢測時間縮短，選擇性和重現性較好。此技術具有簡單、快速、靈敏度高、特異性強、價廉、樣品所需量少等優點，適合現場篩選，在飼料檢測中有著廣泛的應用價值和發展前景。
　　目前，生物學領域的專家通過對微生物快速檢測方面深入的研究，開發了一系列技術，有ATP熒光儀、多功能微生物熒光檢測儀、微生物實時光電檢測系統、紙片法。這些用于食品中有害微生物的快速檢測技術，未來同樣可以在飼料中應用，這些方法的應用將為飼料安全提供有力的保障，同時可以促進我國飼料工業的持續健康發展。下面重點介紹常用的兩種有害微生物快速檢測設備。
　　微生物快速檢測系統
　　高性能便攜式微生物檢測儀將多種檢驗方法的優點集合應用，如培養皿法、酶法、免疫法、基因法，具有便捷、操作簡單、檢驗迅速、高靈敏性、高特異性、消耗成本低、定性半定量測量等諸多優點。
　　快速檢測對象:活菌總數、大腸菌群、大腸桿菌、腸道桿菌科、金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌、沙門氏菌、李斯特菌、腸球菌、產氣莢膜梭菌、亞硫酸鹽還原梭狀芽孢桿菌、霉菌(、酵母菌、軍團菌等，可以定量檢測。
　　快速檢測產品特點有應用范圍廣，應用于食品、飼料、藥品、水質、空氣微生物檢測等眾多領域，可檢測固態、液態、氣態及膏狀、漿狀等多種樣本。使用方便：一套便攜系統即可完成采樣、實驗、后處理等工作，無需配備多種檢測儀器。操作簡單：檢測樣本只需1ml或1g，且無需前處理，只需3個步驟就可完成操作。高靈敏度：可檢測到數量級為1cfu的目標微生物，滿足國內國際微生物檢測標準。高特異性：特異性高達99.999%，杜絕非目標微生物造成的實驗干擾。準確度高：可定量分析。檢測數量：8個插槽可同時提供8項不同實驗，13類不同標準培養環境。快速檢測：快10min即可得到檢測結果，可用于現場檢測。高智能化：能夠自動控制孵育溫度和孵育時間，并可自動生成實驗報告。全自動化：獨立、持續地檢測并記錄瓶中的微生物數量。
　　將激光掃描合成成像技術與活細胞熒光酶標記相結合，研制成功 RDI微生物快速檢測儀。該儀器可在1.5小時內對可過濾樣品中的微生物及原生蟲進行快速計數，適于食品、飼料，化妝品及藥品行業。其特點：只檢測活細胞數，激光對整張濾膜掃描后自動讀數，速度極快、無需增菌，可在90—l00min內出結果；可選配熒光顯微鏡與儀器連接，自動定位對可疑微生物進行確認觀察。靈敏度：可檢測出1個微生物或原生蟲；檢測范圍：1—5000個細胞。