分子蒸餾/短程蒸餾是一項較新的分離技術，能解決大量常規蒸餾技術所不能解決的問題，是常規蒸餾儀的有力補充。分子蒸餾是一種特殊的液液分離技術，在真空下操作，它依據分子運動平均自由程的差別，能使液體在遠低于其沸點的溫度下將其分離，特別適用于高沸點、熱敏性及易氧化物系的分離。

短程分子蒸餾儀的優點：

A.分離程度更高，分子蒸餾能分離常規不易分開的物質。

B.沒有沸騰鼓泡現象，分子蒸餾是液層表面上的自由蒸發，在低壓力下進行，液體中無溶解的空氣，因此在蒸餾過程中不能使整個液體沸騰，沒有鼓泡現象。

C.無毒、無害、無污染、無殘留，可得到純凈安全的產物，且操作工藝簡單，設備少。

短程分子蒸餾儀的缺點：

分子蒸餾設備價格昂貴，分子蒸餾裝置必須保證體系壓力達到的高真空度，對材料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的距離要適中，設備加工難度打，造價高。

由于短程分子蒸餾具有蒸餾溫度低于物料的沸點、蒸餾壓強低、受熱時間短、分離程度高等特點，因而能大大降低高沸點物料和熱敏性物料的分離技術難度，保護了熱敏物料的特點品質。該分子蒸餾設備尤其用于天然保健品等的提取，可擺脫化學處理方法的束縛。