一、分子蒸餾依據不同物質的分子運動平均自由程的差別，在高真空下實現物質的分離。分子自由程長的分子更容易逸出，被分離出來。
二、短程分子蒸餾主要應用于
精細化工（如丙烯酸提純、、巰基丙酸提純、環氧樹脂提純、有機硅涂膜劑提純等）、
醫藥中間體（如三嗪三酮提純、水楊酸甲酯提純、提純、維生素K提純等）、
食品行業（如單甘酯提純、辣椒紅色素提取、棕櫚油純化）、
化妝品行業（如聚乙二醇、沉香精油、橘皮精油等）
保健品行業（如角鯊烯、維生素E、維生素K、神經酸等）
三、與薄膜蒸發器相比
優點：分子蒸餾冷熱接觸面距離短，蒸發效率更高，蒸發速度更快，且蒸發所需溫度更低。
缺點：分子蒸餾由于其結構較薄膜蒸發器更復雜，價格相對比薄膜蒸發器更貴。